La tanda se hizo necesaria tras el empate 2-2 en el tiempo regular. El español Unai Bilbao remeció las redes a los 15 minutos para adelantar a los locales, el uruguayo Brian Rodríguez empató a los 51, pero Raúl Zúñiga volvió a poner al frente a los Xolos a los 53.
Borja concretó el tanto del empate a los 90.
En los penales, anotaron Rodríguez, Israel Reyes y el uruguayo Rodrigo Aguirre. Malagón les atajó intentos al colombiano Christian Rivera y a Aaron Mejía para darle el triunfo en penales 3-2 a las Águilas, bicampeonas vigentes.
Por Tijuana, Emanuel Reynoso erró además un cobro.
América, que terminó octavo de la clasificación, enfrentará a Toluca en una de las series de cuartos de final. En la última fecha de la campaña regular, los Diablos Rojos se impusieron por 4-0.
"Los enfrentamos hace poco, es un gran rival que hizo un gran torneo", dijo Aguirre, quien fue uno de ocho seleccionados del América que regresaron a última hora para encarar el partido. "Tendremos tiempo para prepararnos de la mejor manera".
Además de Aguirre, los azulcremas tuvieron que esperar el retorno apresurado desde la Fecha FIFA del uruguayo Brian Rodríguez, del chileno Diego Valdés, del estadounidense Alejandro Zendejas, así como de Borja, Henry Martín, Malagón y Reyes. Valdés volvió lesionado y no pudo jugar.
América se une a Cruz Azul, Toluca, Tigres, Pumas, Monterrey y San Luis en los cuartos de final.
Además del encuentro entre las Águilas y el Toluca, también están definidas las series entre Pumas y el Monterrey y la de Tigres ante el San Luis.
Los Xolos, dirigidos por el colombiano Juan Carlos Osorio, no están eliminado y chocarán con Atlas para definir al último equipo en clasificar. El conjunto que gane ese duelo, que será el próximo domingo, se medirá con el líder Cruz Azul.
Tijuana, comprometió su ventaja desde la expulsión del argentino Nicolás Díaz, quien salió del partido a los 74 por una falta sobre el español Álvaro Fidalgo.
Atlas sufre pero elimina a Chivas
Con dos anotaciones en los últimos minutos, incluyendo un penal de Aldo Rocha, Atlas remontó para eliminar por 2-1 a Chivas y dar un paso más hacia su clasificación a los cuartos de final.
Víctor Guzmán concretó desde los 11 pasos a los 58 minutos para adelantar al "Rebaño Sagrado", pero el montenegrino Uros Durdevic niveló a los 84 y Rocha convirtió el penal a los 113 para sentenciar el triunfo.
Los Zorros, que terminaron décimos en el calendario regular, todavía no aseguran su clasificación a cuartos de final. Deberán imponerse al equipo que caiga en el otro enfrentamiento de repechaje previsto para el jueves, entre Tijuana y América.
Chivas, dirigido por el interino Arturo Ortega, vio culminar un torneo que comenzó con ilusión bajo la guía del entrenador argentino Fernando Gago, quien dejó al equipo antes de terminar el torneo para dirigir a Boca Juniors en su país.
El Guadalajara, uno de los dos equipos más laureados en México, no logra ser campeón de liga desde el torneo Clausura 2017.
Pareció que el desenlace sería diferente porque Chivas dominó el encuentro en el arranque y estuvo cerca de irse al frente a los 15 con un disparo de Fernando Beltrán, quien cuatro minutos después fue factor al desviar una pelota sobre la raya en un tiro de Eduardo Aguirre.
Sobre el final del primer tiempo, el "Pocho" Guzmán estuvo cerca de abrir el marcador con un remate de cabeza que se fue por encima del arco.
En el segundo tiempo, Javier Hernández realizó un disparo dentro del área que pegó en la mano del zaguero brasileño Matheus Doria. Luego de consultar con el VAR, el árbitro César Ramos marcó un penal que Guzmán concretó con un disparo por el lado izquierdo del portero colombiano Camilo Vargas.
Cuando parecía que Chivas se llevaba el triunfo Durdevic sacó un tiro dentro del área que fue desviado con el pecho por José Castillo para dejar sin oportunidad al portero Raúl Rangel.
Y en la agonía del encuentro, Antonio Briseño cometió una falta dentro del área al golpear con el codo al Gaddi Aguirre. Rocha anotó con tiro a media altura al costado derecho del "Tala" Rangel.